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La 6e vague de Covid continue, mais reste sous contrôle

ByAfricasPort

Mar 22, 2022

SCIENCE – Pour la sixième fois en deux ans, la plupart des indicateurs de suivi de l’épidémie de Covid-19 sont à la hausse ce mardi 22 février en France. Une nouvelle vague anticipée il y a plusieurs semaines par les modèles de l’Institut Pasteur

Les cas positifs sont en augmentation depuis plus de deux semaines et les entrées à l’hôpital depuis une dizaine de jours. Très récemment, la baisse s’est transformée en plateau pour les décès et les entrées en réanimation.

Une hausse anticipée par les modèles, qui l’expliquent par la présence du sous-variant d’Omicron BA.2 et par la levée des mesures et un relâchement collectif sur les gestes barrière. Mais pour la première fois, c’est peut-être une “bonne” nouvelle que les modèles ne se trompent pas. Car selon les scénarios de l’Institut Pasteur, cette hausse ne devrait pas durer et le pic de cette sixième vague pourrait être bien plus faible que le précédent.

Les cas augmentent, les hospitalisations suivent

Lundi 21 février, la Direction générale de la Santé a recensé 24.179 cas positifs. Un chiffre qui peut sembler faible, mais il faut se rappeler que beaucoup moins de cas sont rapportés les lundis, car peu de tests sont réalisés le dimanche. Cela représente en réalité une hausse de 28% par rapport au lundi précédent.

Si l’on regarde la moyenne sur une semaine (la courbe bleue), on voit que la hausse continue, avec 89.763 cas positifs recensés contre environ 60.000 début mars.

Les chiffres à J-1 sont pratiques pour suivre au plus près l’évolution de l’épidémie, mais sont susceptibles de varier d’une semaine à l’autre en fonction de la rapidité de remontée des résultats. Pour bien s’assurer des tendances, il est préférable de regarder les données publiées par Santé Publique France, qui montrent le nombre de cas à la date du dépistage, avec un retard de trois jours.

Les graphiques ci-dessous permettent de voir l’incidence, ainsi que d’autres indicateurs essentiels pour suivre l’évolution de l’épidémie (détaillés juste en dessous).

Après le taux d’incidence et de positivité, les nouvelles hospitalisations sont également reparties à la hausse, avec près de 1080 entrées quotidiennes. Du côté des réanimations, la baisse se poursuit, mais la pente est de plus en plus plate. Même chose pour les décès à l’hôpital.

Signification des différents indicateurs

  • Taux d’incidence: c’est le nombre de cas détectés pour 100.000 habitants. Il est très utile, car il donne un état des lieux de l’épidémie en quasi-temps réel (quelques jours de décalage pour l’apparition des symptômes, voire avant leur apparition pour les cas contacts). Mais il est dépendant des capacités de dépistage.
  • Taux de positivité: c’est le nombre de tests positifs par rapport aux tests totaux effectués. Il permet de “contrôler” le taux d’incidence. S’il y a beaucoup de cas dans un territoire (taux d’incidence), mais que cela est uniquement dû à un dépistage très développé, le taux de positivité sera faible. À l’inverse, s’il augmente, cela veut dire qu’une part plus importante des gens testés sont positifs, mais surtout que les personnes contaminées qui ne sont pas testées, qui passent entre les mailles du filet, sont potentiellement plus nombreuses. Pour autant, cette dynamique est rendue difficile à lire depuis la généralisation des autotests, non comptabilisés.
  • Taux d’occupation des lits de réanimation par des patients Covid-19: C’est un chiffre scruté, car il permet de savoir si les hôpitaux sont capables de gérer l’afflux de patients. Il est très utile, car il y a peu de risque de biais: il ne dépend pas du dépistage et les occupations de lits sont bien remontées aux autorités. Son désavantage: il y a un délai important entre la contamination et le passage en réanimation, d’environ deux à trois semaines. 
  • Entrées en réanimation et nouvelles hospitalisations: moyenne lissée sur 7 jours des personnes entrant à l’hôpital
  • Décès à l’hôpital: Comme les réanimations, c’est un indicateur plutôt fiable, mais avec un délai important.
  • R effectif: cet indicateur représente le “taux de reproduction du virus” réel, c’est-à-dire le nombre de personnes infectées par un cas contagieux. Il est calculé par des épidémiologistes et a lui aussi un délai important.

Dans une période si incertaine, il est important de regarder les tendances sur un temps plus long, et notamment la vitesse de croissance ou de décroissance des cas et des indicateurs hospitaliers. Pour cela, il est intéressant de regarder l’évolution sur une semaine, en pourcentage, de ces chiffres:

Les entrées à l’hôpital continuent leur hausse depuis plus d’une semaine et le nombre de lits occupés commence à se stabiliser. Le nombre de patients en réanimation, lui, continue de décroître de 10% par semaine.

Un “bon” signal: si l’incidence augmentait de plus en plus vite, le taux de croissance semble d’être stabilisé depuis trois jours.

Mais il faut se garder de toute analyse trop hâtive. D’abord, car si l’incidence n’augmente pas de plus en plus vite, elle augmente quand même, et ce sur tout le territoire. Ensuite, car pour s’assurer que la vague est passée, il faut que toutes les barres pointent vers le bas durablement. On en est encore loin

Omicron et la vaccination changent la forme de la vague

Alors que l’incidence et la positivité ont explosé lors de la cinquième vague, il n’y a pas eu de saturation hospitalière aussi importante que dans les précédentes vagues. Et en toute logique, ce devrait être similaire pour cette sixième vague.

Pourquoi? Car le variant Omicron, aujourd’hui responsable de 99% des cas, change la donne avec sa sévérité moindre. Difficile de savoir à quel point cette baisse de virulence est liée à ses mutations ou au fait qu’il contamine des personnes vaccinées (l’écrasante majorité de la population française), et donc fortement protégées contre les formes graves.

Toujours est-il que le décrochage entre cas et hospitalisations ou réanimations est flagrant. Le graphique ci-dessous montre l’évolution du nombre de cas, d’hospitalisations et d’entrées en réanimation en pourcentage par rapport au plus haut atteint lors de la seconde vague de Covid-19, en novembre 2020.

Comme on peut le voir, la différence entre les cas et les hospitalisations ou entrées en réanimations est flagrante avec Omicron. Avant cela, des divergences plus légères sont visibles entre les vagues. Elles sont difficiles à expliquer avec certitudes, mais plusieurs pistes peuvent être évoquées: la sévérité des variants Alpha et Delta, l’évolution de la campagne vaccinale, etc.

Et cette différence entre cas et formes graves est en réalité encore plus importante. Pour comprendre, il faut regarder le graphique suivant, qui montre les personnes entrées à l’hôpital à cause de la maladie Covid-19, ou pour une autre raison, mais qui sont par ailleurs positives au coronavirus.

Avant le mois de janvier, la part de ces personnes hospitalisées avec Covid était faible, mais comme on le voit, elle a explosé avec la vague Omicron. Attention, le fait de ne pas être hospitalisé pour Covid ne veut pas dire que la maladie ne peut pas aggraver la situation du malade.

Vers un pic des cas dans les jours à venir ?

Si le tableau peut sembler plutôt noir, l’avenir pourrait bien s’éclaircir rapidement. Dans une note publiée le 10 mars, les chercheurs de l’Institut Pasteur ont testé différents scénarios pour prédire l’évolution de l’épidémie avec leur modèle, qui s’est jusque-là révélé plutôt efficace pour imaginer l’évolution de l’épidémie.

La hausse actuelle pourrait ainsi être principalement due, selon les chercheurs, à une augmentation du taux de transmission du virus. Celle-ci s’expliquerait notamment par l’augmentation du nombre de contacts à risque. Le variant BA.2, lui, est plus contagieux, mais la différence est trop faible pour peser fortement dans la tendance de fond.

Après une hausse des contacts des Français fin février estimée à 40% (alors que le pic était bien passé), les auteurs se sont demandé quelle pourrait être la trajectoire de la vague à venir avec la fin du port du masque. Dans le pire scénario envisagé par les chercheurs, avec une hausse de la transmission de 130% dès le 7 mars, le pic de la vague a lieu fin mars et restera limité entre 100.000 et 200.000 cas.

Et ce pic aurait lieu sans aucune mesure de restriction, simplement car la vaccination et l’immunité acquise après la vague de janvier empêcheront le virus de circuler.

Avec environ 90.000 cas par jour sur la deuxième quinzaine de mars, on semble plutôt se diriger vers un pic à moins de 150.000 cas, si la trajectoire réelle suit les projections.

Vu la situation actuelle (vaccination avancée, beaucoup d’immunité naturelle acquise via la cinquième vague), il est probable que si la vague des cas ne monte pas très haut, celles des hospitalisations, des réanimations et des décès devraient également être limitées. 

Pour autant, un tel niveau de contamination entraînera un fardeau non négligeable, à la fois pour l’hôpital et en termes de décès. D’autant que les modèles de l’Institut Pasteur ne sont pas des prédictions. Ils peuvent donc se tromper si les hypothèses prises ne se vérifient pas.

L’hypothèse la moins sûre, nous précisait début mars le modélisateur Simon Cauchemez, c’est celle de la durée de l’immunité après une infection par Omicron. Le modèle part du principe qu’il n’est pas possible d’attraper à nouveau le Covid d’ici au 1er avril si l’on a été infecté par Omicron. Si ce n’est pas le cas, le pic pourrait être bien plus important.

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